Καθαρίζουμε και πλένουμε τα κολοκύθια. Τα τρίβουμε στον τρίφτη του κρεμμυδιού, τα αλατίζουμε και στη συνέχεια τα βάζουμε σε τρυπητό να στραγγίσουν για μισή ώρα. Βάζουμε το λάδι σε βαθύ τηγάνι και σοτάρουμε τα κρεμμύδια και τα λουκάνικα. Στύβουμε το κολοκύθι, το προσθέτουμε στο τηγάνι και το ανακατεύουμε για 5 λεπτά. Κατεβάζουμε από τη φωτιά και αφήνουμε το μείγμα να κρυώσει.

Προσθέτουμε στη γέμιση τα τυριά, τα χτυπημένα αυγά, τον μαϊντανό, τον  άνηθο, το πιπέρι, το αλεύρι και ανακατεύουμε. Απλώνουμε ομοιόμορφα το μείγμα σε λαδωμένο ταψί 30Χ40 εκατοστά. Ψήνουμε την κολοκυθόπιτα σε μέτριο φούρνο για 35-45 λεπτά, μέχρι να πάρει ροδοκόκκινο χρώμα. Αφήνουμε να κρυώσει 30 λεπτά προτού τη σερβίρουμε.